1、禁欲3～7天，精液常规分析3次以上者，精子密度低于2000万而查不出任何病因，可考虑为特发性少精子症。当精子密度≤l×106/ml时，可诊断为严重少精子症。
　　2、通过询问病史、体格检查及其他实验室辅助检查（遗传学检查、内分泌激素测定、微生物学检查、抗精子抗体、微量元素测定等），大多能发现引起少精子症的病因。精液分析少精子并同时伴有引起少精子的疾病病因时，可诊断为继发性少精子症。
　　3、根据有尿频、尿急、尿痛以及尿道烧灼样感，以及尿道外口脓性分泌物，尿液检查脓细胞增多，前列腺液检查白细胞大于10/HP，以及尿培养等可确定有生殖系统炎症。
　　4、免疫学检查可以确定是否存在自身免疫，染色体核型分析可确定是否存在染色体异常。测定血清FSH、LH、T、PRL也是少精子症检查的重要方法，若FSH、LH低于正常，为继发性少精子症，PRL升高为高泌乳素血症引起的少精子症。
　　另外有些少精子症原因不明，称为特发性少精子症。
　　与无精子症和死精子症鉴别：
　　1、无精子症：三次精液检查均未发现精子者为无精子症，无精子症又分为“先天性无精子症”和“阻塞性无精子症”两种，前者指睾丸生精细胞萎缩、退化，不能生成精子;后者指睾丸能产生精子，但输精管阻塞而不能排出精子。
　　2、死精子症：精液中精子成活率减少，精液检查中发现死精子超过40%者为死精子症，亦称死精子过多症。但是因检查方法不当或未按正常方法搜集精液，而人为造成的死精子增多，称为假死精子症，必须予以鉴别。